para el santuario se edificarán alrededor de 25,000 criptas, una capilla de adoración al Santísimo y en forma muy especial se construirá un centro de atención indígena para poder atender a la gente más necesitada que visite el lugar.
Luis Barragán en una carta a Louis Kahn, en la colaboración para el diseño de los exteriores del Salk Institute en La Joya California decía: "If you make this a Plaza, you will Gain a facade, a facade to the sky" (" Si usted hace esto una Plaza, ganará una fachada, una fachada al cielo".) Es así que el atrio retoma esta idea de hacer de él una plaza, o una fachada al cielo con un diseño moderno y limpio provisto solo de lo esencial: Escultura monumental de San Juan Diego recibiendo a los fieles, discretas jardineras a ras del pavimento con forma inspirada en el símbolo de la flor de 4 pétalos Nahui ollín, quemadores para veladoras; uno dedicado a la Virgen de Guadalupe, otro a San Juan Diego y un campanario con un planteamiento conceptual neoexpresionista, como contrapunto al edificio neobarroco existente.
Acorde a los cambios que ha experimentado la liturgia en los últimos años a partir del concilio Vaticano II y basados en un estudio minucioso de ella, la solución adoptada para el santuario de San Juan Diego Cuauhtlatoatzin parte en primer lugar de hacer que los fieles participen de una manera mas cercana al altar mediante la disposición de las bancas, y que quien presida la misa sea visible de cualquier punto de la nave, por ello se ha cuidado de que el espacio destinado a la sede se eleve 3 escalones por encima del área de altar manteniendo el mismo punto focal, donde la idea rectora sea una cruz flotando sobre el altar, visible de todos lados y que el celebrante tampoco le pierda de vista.
El altar será en una sola pieza pétrea con un diseño contemporáneo con espacio suficiente para poder rodearlo.
La zona del altar tiene un primer escalón para ceremonias.
Como remate al altar se tiene un muro dividido en forma de tríptico donde la parte central se maneja revestida con hoja de oro y los dos laterales con hoja de plata, esto con el fin de enfocar la atención en esa zona en específico del santuario.
El ambón es fijo, lateral y visible de igual manera desde cualquier punto.
La pila bautismal será un contenedor transparente bañado de luz indirecta, la cual provendrá de la zona de criptas aprovechando el espacio en doble altura entre la zona de criptas y la parte posterior del altar y se ubica en un lugar estratégico debajo de la parte más baja de la cubierta simbolizando el nacimiento a la vida de gracia.
Detrás del altar se ubica el sagrario y la capilla del santísimo donde, al acceder el celebrante, no se permita que se le pierda de vista.
Los espacios interiores de este santuario plantean de manera análoga a la descripción que de los espacios de Luis Barragán hace el arquitecto Richard England: que sean ricos en misterios de luz tanto natural como artificial. Para lograr esto el proyecto de iluminación único en su tipo en edificaciones religiosas ayudará a darle carácter y a propiciar un ámbito de reflexión y a hacer énfasis en aspectos centrales tanto de la zona de altar, la cubierta, la nave de la iglesia y el atrio.
Incluso en celebraciones nocturnas se iluminará la zona de altar de una manera especial haciendo énfasis en la celebración de la liturgia. En ese momento el área de fieles se iluminará con matices muy tenues. Franjas de luz tanto natural como artificial bañarán cada uno de los bordes de las cubiertas escalonadas. Se manejaran tonos cálidos en las partes bajas haciendo la analogía con tonos más terrestres e íntimos y en la parte superior se manejaran otros tonos en puntos específicos subrayando la idea de lo celeste.
Del lado izquierdo de la nave, un muro de mármol con grabados en relieve representara la historia de la evangelización. Especial cuidado tendrá la iluminación de este muro, enfatizando debidamente cada uno de los elementos.
En el Directorio sobre la Piedad Popular y la Liturgia, la Arquidiócesis Primada de México subraya la importancia de la celebración de la Penitencia y menciona "además de los confesionarios tradicionales dispuestos en la iglesia, en los santuarios muy frecuentados sería deseable que hubiera un lugar reservado para la celebración de la Penitencia, que se pueda emplear también para momentos de preparación comunitaria y celebraciones penitenciales, y que, dentro del respeto a las normas canónicas y a la reserva que exige la confesión, ofrezca al penitente la facilidad para dialogar con el confesor." Es por ello que el vestíbulo y las dos cúpulas del acceso serán zonas penitenciales y de recogimiento, donde se cuidará que su iluminación propicie ambientes de reconciliación que se requieren en los santuarios hoy en día.
